In poco tempo caddero, Giaffa, Tripoli e la roccaforte di Margat. Poche centinaia di cavalieri ospitalieri, templari, teutonici si ritirano ad Acri per permettere alla popolazione superstite di imbarcarsi per l'Europa. Resistono per oltre un mese contro centosessantamila saraceni, fino a che non furono messi in salvo gli ultimi cristiani che popolavano Acri. Ormai ridotti a poche decine i cavalieri cristiani per l’estrema resistenza si raggrupparono su una torre, ma questa crollò a seguito di un violento attacco da parte dei musulmani. Il gran maestro degli ospitalieri frà Giovanni de Villiers[10], è tra i superstiti imbarcato sulle navi perché ferito.
Nel 1291 De Villiers si reca a Cipro e lì porterà le sue insegne ed insedierà provvisoriamente l'Ordine di San Giovanni.
In pochi anni l'Ordine Ospitaliero si riorganizza ed è nuovamente pronto a riprendere la guerra contro l'Islam, questa volta sul mare. Nel 1310, sotto la guida del gran maestro frà Foulques de Villaret[11], l’Ordine conquista l'isola di Rodi dove si stabiliscono in forze, impossessandosi poi di altre numerose isole dell'Egeo[12]. Il loro nome cambia in Cavalieri di Rodi.  In questo periodo all’Ordine Ospitaliero passarono molti dei beni confiscati all’Ordine del Tempio, che ne frattempo era stato soppresso[13].
L'Ordine costruì una potente flotta e cominciò a solcare i mari orientali, impegnandosi a difendere la Cristianità in numerose e celebri battaglie tra cui le Crociate in Siria e in Egitto. L'Ordine è assimilabile ad una repubblica marinara al pari di Genova e Venezia. I membri dell'Ordine che giungevano a Rodi da ogni parte d'Europa e le istituzioni dell'Ordine in Europa si raggrupparono fin dall'inizio del quattordicesimo secolo secondo le loro lingue di origine.
Dapprima erano sette: Provenza, Alvernia, Francia, Italia, Aragona (Navarra), Inghilterra (con Scozia e Irlanda) e Alemagna. Nel 1492 Castiglia e Portogallo si separarono dalla Lingua d'Aragona, costituendo l'ottava Lingua.
Ogni Lingua comprendeva i Priorati o Gran Priorati, i Baliaggi e le Commende. L'Ordine era governato dal Gran Maestro (Principe di Rodi) e dal Consiglio, batteva moneta e intratteneva rapporti diplomatici con gli altri Stati. Le altre cariche dell'Ordine venivano attribuite ai rappresentanti delle diverse Lingue: la sede dell'Ordine, il Convento, era composto da religiosi di varia nazionalità.
Nel 1522 Solimano II il Magnifico attacca l'isola con settecento navi e duecentomila uomini. 
I Cavalieri di Rodi sono solo trecento. Dopo sei mesi di assedio e di cruenti combattimenti i Cavalieri furono costretti ad arrendersi, abbandonando l'isola di Rodi con gli onori militari.
I superstiti si dirigono verso Candia. Senza ricevere aiuti dai sovrani europei i cavalieri superstiti vagano tra Candia e la Sicilia, tra Civitavecchia e Marsiglia. Nel 1530, il Gran Maestro fra' Philippe de Villiers[14] prese possesso dell'isola di Malta, ceduta all'Ordine dall'Imperatore Carlo V con l'approvazione di Papa Clemente VII.
Fu stabilito che l'Ordine sarebbe rimasto neutrale nelle guerre tra nazioni cristiane.
Nel 1565 i Cavalieri, guidati dal Gran Maestro fra' Jean de la Vallette[15] (che dette il nome alla capitale dell'isola di Malta, Valletta), difesero l'isola dall'attacco e dal Grande Assedio Turco (durato oltre tre mesi). La flotta dell'Ordine, considerata una delle più potenti del Mediterraneo, contribuì alla distruzione definitiva della potenza navale degli Ottomani nella battaglia di Lepanto del 1571. L’isola di Malta divenne una base inattaccabile solamente Napoleone Bonaparte nel 1798, impegnato nella campagna d'Egitto, riuscirà ad espugnarla e a impadronirsi di tutti i beni dell'Ordine. Ciò fu possibile perché i Cavalieri, a causa della Regola dell'Ordine, non poterono alzare le armi contro altri cristiani. Nel 1800 gli Inglesi occuparono Malta ma, malgrado fossero riconosciuti i diritti sovrani dell'Ordine su Malta con il Trattato di Amiens (1802), l'Ordine non è mai potuto ritornare a Malta.
Dopo essersi trasferito temporaneamente a Messina, a Catania e a Ferrara, nel 1834 l'Ordine si stabilì a Roma dove possiede, garantiti da extraterritorialità, il Palazzo di Malta, in Via Condotti 68, e la Villa sull'Aventino. Da allora la finalità originaria dell'assistenza ospedaliera divenne l'attività principale dell'Ordine, che si intensificò nel corso dell'ultimo secolo, grazie al contributo delle attività dei Gran Priorati e delle Associazioni presenti nei diversi paesi del mondo.
Le attività ospedaliere e caritative furono svolte su larga scala durante la Prima e la Seconda Guerra Mondiale sotto il Gran Maestro fra' Ludovico Chigi della Rovere Albani e ancor più intensificate sotto il Gran Maestro fra' Angelo de Mojana di Cologna (1962-1988), successore del quale è l'attuale Gran Maestro Gran Maestro fra' Andrew Bertie[16]. Attualmente il nome dell’Ordine è Sovrano Militare Ordine di Malta.

Note:

1] La prima comunità religiosa che si ispira alla Regola benedettina. I monaci hanno come patrono san Giovanni Battista (da qui il nome di "Giovanniti").

Il fondatore, Mauro di Pantaleone, che aveva costituito un'istituzione dello stesso genere anche ad Antiochia, morì nel 1071; fu sostenuto dal punto di vista finanziario dalla comunità amalfitana. Questo ospedale-albergo si trovava nel quartiere del Muristan, tra la via del bazar e il Santo Sepolcro..

2] Frà Gerardo Sasso fu il primo gran maestro dell’Ordine (1108-1120)

3] Il 15 febbraio del 1113, con una bolla, papa Pasquale II, approvò la fondazione dell'Ospedale e lo pose sotto la tutela della Santa Sede, con diritto di eleggere liberamente i suoi capi, senza interferenza delle altre autorità laiche e religiose. In virtù di tale bolla l'Ospedale e l’Ordine divennero indipendenti dalla Chiesa.

4] Frà Raimondo de Puy, secondo Gran Maestro (1120- c. 1158/60)

5] Ognuna delle otto punte della croce simboleggiava una beatitudine evangelica.

6] Fra' Bertrand de Thessy, quindicesimo Gran Maestro (c. 1228 – 1231)

7] Frà Ruggero des Moulins, francese, fu l’ottavo gran Maestro degli Ospitalieri (1177-1187)

8] Tra questi crociati vi erano: Giovanniti, Templari e Teutonici.

9] Il Krak era stato edificato sterrando intere montagne, abbattendo templi trasformandoli in cave di pietra.

10] Frà Giovanni de Villiers, Francese, è il ventiduesimo Gran Maestro (1284/5-1293/4).

11] Frà Foulques de Villaret, venticinquesimo Gran Maestro (1305-1319).

12] Con la consulenza del genovese Vignolo dé Vignoli, che aveva pianificato un progetto per la conquista di Rodi, gli Ospitalieri oltre a Rodi si impossessano di Lero, Kos, Nisiro, Calchi ed altre isole dell’Egeo.

13] Papa Clemente V, sotto la pressione di Filippo IV re di Francia, il 22 marzo del 1312, con la bolla Vox in excelsio decretò la soppressione dell’Ordine.

14] Frà Giovanni de Villiers, quarantaquattresimo Gran Maestro (1521-1534)

15] Frà Jean de la Vallette, quarantanovesimo Gran Maestro (1557-1568)

16] Fra' Andrew Willoughby Ninian Bertie, settantottesimo Gran Maestro dal 1988.