Federico II aveva letto Aristotele nelle traduzioni di Michele Scoto. Pur apprezzandolo come filosofo, lo criticò come ornitologo tanto che ebbe a dire: "Nello scrivere abbiamo anche seguito Aristotele, quando ciò appariva necessario. In alcuni punti, tuttavia, siamo dell'opinione, sulla base delle esperienze da Noi condotte, che, per quanto concerne la natura di determinati uccelli, egli si sia allontanato dalla verità. Pertanto non in tutto concordiamo con il Principe dei filosofi giacché mai o solamente di rado egli si dedicò all'aucupio, a differenza di Noi che l'abbiamo sempre amato e praticato. Aristotele narra molte cose sugli animali specificando che furono altri a dirle; ma ciò che altri sostennero, egli stesso non vide né fu visto da coloro che per lui si resero garanti. La certezza non si raggiunge con l'orecchio..."

L'Imperatore Federico II, opera dello scultore contemporaneo Pietro Gurrado.

L'imperatore voleva forse solo scrivere un testo per l’addestramento alla caccia dei rapaci; ma la padronanza del problema ed il metodo scientifico adottato gli consentirono di produrre un vero e proprio trattato di ornitologia. Più di 500 anni prima di Linneo (Råshult 1707 - Uppsala 1778) egli usò la nomenclatura binomia per designare le diverse specie d'uccelli.

L’opera è divisa in due parti. La prima, corredata da 500 miniature, presenta circa ottanta esemplari di volatili che possono essere catturati dai rapaci e ne descrive le abitudini, l'aspetto fisico, i modi di difesa, le tecniche di volo, tutte conoscenze indispensabili per addestrare con successo un falco. La seconda parte, utilizzando minuziose descrizioni e miniature, illustra le varie fasi dell'addestramento del falco con tutte le specifiche attività del falconiere.

Dalla lettura di questo trattato traspare un Federico scienziato e naturalista che dedica molto del suo tempo all'osservazione degli uccelli. Per far questo egli si recava spesso a San Lorenzo in Pantano, presso Foggia, dove realizzò un parco dell'uccellagione; alle saline del Gargano, nei pressi dell'attuale Margherita di Savoia, ove ancora oggi sostano gli uccelli migratori; a Salpi, l'attuale Trinitapoli, ove c'era una vera e propria oasi; ed in altri luoghi della Capitanata, nei boschi vicino Melfi in provincia di Potenza .

Purtroppo il manoscritto originale dell'imperatore è andato perduto durante la disfatta di Parma del 1248; quello che ci è pervenuto è una copia redatta dal figlio Re Manfredi dopo il 1258, certo fedele al pensiero dell'augusto autore.

Quando nel febbraio del 1266 Manfredi perse a Benevento la vita ed il regno, il trattato divenne bottino degli Angioini. Il nobile francese Jean II Dampierre signore di Dampierre e di Saint Dizier, che aveva partecipato alla campagna d'Italia, ne venne in possesso e qualche decennio dopo realizzò una versione francese, con miniature simili all'originale. Il codice di Manfredi, dopo essere passato nelle mani di vari nobili europei, è attualmente conservato presso la Biblioteca Apostolica Vaticana.